Die erste Kirchberger Kirche wurde um das Jahr 1000 durch das Kloster St. Gallen gebaut. Damals wohnte jedoch noch kein Pfarrer in Kirchberg. Erst im August 1359 wurde dieses wohnte ein Pfarrer in Kirchberg. Durch Bevölkerungswachstum im 13./14. Jahrhundert wurde die Kirche bald zu klein und man baute 1404 eine grössere Kirche. Bis zum Bau der reformierten Kirche 1554 wurde die Heiligkreuzkirche paritätisch genutzt. Seither ist die Kirche wiederum rein römisch-katholisch. Am 16. Dezember 1685 geschah das Heiligkreuzwunder. Durch dieses Ereignis bekam das Kreuz eine neue, wichtige Bedeutung im Kirchenalltag. Durch die vielen Pilger hatte man genug Einnahmen einen Hochaltar und eine Kapelle (1694/1695) bauen zulassen.
Pfarrer Lehmann liess 1748 zu Ehren des heiligen Kreuzes die dritte Kirche erbauen. Sie glich der heutigen Kirche in Grösse und Umfang ziemlich genau. Jedoch wurde das Dorf im Jahre 1784/1785 von einem Dorfbrand heimgesucht, bei dem die Kirche samt Kapelle total zerstört wurden. 1785 baute man die vierte Kirche. Sie war hauptsächlich ein Neubau der zerstörten Kirche, die seitdem nur noch kleineren, sanften Renovationen unterzogen worden ist.

Das Wunder von Kirchberg
Obwohl sich das Kreuz damals noch an der Seitenwand befand, bildete es den Mittelpunkt des kirchlichen Lebens. Ende 1685 setzte sich der Pfarrer mit dem Kreuz auseinander und hielt eine mehrteilige Predigt darüber. Am dritten Adventssonntag, am 16. Dezember 1685, soll sich laut mehreren Dutzend Kirchgängern das mit drei Nägeln befestigte Kreuz von der Mauer wegbewegt haben, dort ein wenig hin und her und schliesslich wieder zurück an seinen Platz bewegt haben. Der Pfarrer selbst bemerkte nur wie die Menge während des Gottesdienstes unruhig waren und aufstanden. 14 der rund 100 Zeugen wurden von einer bischöflichen Untersuchungskommission vernommen. Der Vorfall wurde danach von der Untersuchungskommission „als authentisch und wahrhaft» bestätigt.In den folgenden Jahren wurde immer wieder von merkwürdigen Vorfällen berichtet. Ende des 18. Jahrhunderts verstummen die Berichte über angebliche Wunderkräfte.
Jedoch gibt es heute noch den Heiligkreuztag (14. September), der ein kirchlicher Feiertag im Kirchkreis Kirchberg ist, und bei den Kirchberger Einwohnern als «höchster Feiertag Kirchbergs» gilt.

333 ist eine bedeutsame Zahl
Die Bedeutung der Zahl 3 ist: Gemeinschaft, Kommunikation, Freundschaft, Hilfsbereitschaft, Integration, Vermittlung, Friede, Vernunft und soziales Engagement. Durch das dreimalige Vorkommen werden die Bedeutungen der 3 auf das Optimum verstärkt. Es wird auch von der „optimalen Wirkungskraft“ gesprochen. Weiter stellen die Dreien der Zahl 333 die geistige, seelische und körperliche Ebene dar. Bildet man die Quersumme, so ergibt sich die Zahl 9. Die 9 repräsentiert die Vollendung, Philosophie, Nachdenklichkeit, Herzensbildung, Weisheit, Trakt und Taktik, Diplomatie, Kultur, Bildung, göttliche Fügung.
Festgottesdienst und weltliche Feier
Diesen Freitag, 14. September, wird in der Heilig-Kreuz Kirche ein Festgottesdienst gefeiert. Bischof Markus Büchel wird in seiner Predigt zu Ehren des Wunders gedenken und bei schönem Wetter findet eine Prozession statt. Nach der liturgischen wird zur weltlichen Feier eingeladen. Für Essen und Trinken ist gesorgt und Alfons Sonderegger führt seine Bauchrednerkunst vor. Für die Kinder wird während der Messe und auch anschliessend ein Kinderprogramm geboten.